EL CIMAT cuenta con  13 salones para impartir los cursos a sus estudiantes con capacidades desde 10 hasta 36 personas. Además de estos cuenta con un auditorio para 90 personas, un salón de seminarios para 45 personas y tres salones de usos múltiples con capacidades de 45, 50 y 100 personas para clases especiales, conferencias, seminarios y talleres. Todos los auditiorios, salones de seminarios y de usos múltiples cuentan con equipo audiovisual para transmisión y recepcion remota.  Se cuenta además con 2 salones especializados en videoconferencia con capacidad de 10 personas cada uno, así como 3 laboratorios de cómputo con 39 computadoras en total, 20 de las cuales son workstations de alto desempeño.

Todas las oficinas que se les asignan a los estudiantes cuentan con computadoras, y se tienen licencias disponibles del software Office, Matlab, Winedt, Mathematica, Bluejeans, MS Teams y la G Suite incluyendo Drive y Meet disponibles para todos los estudiantes. A cada estudiante e investigador se le asigna un correo institucional que está integrado a los servicios de Google  (G Suite). Todos los investigadores con cuenta de office tienen acceso a TEAMS y MEET como herramientas alternas de videoconferencia desde sus equipos de cómputo. 

Laboratorio de computo de alto desempeño

En Guanajuato se han instalado un clúster de cómputo desde 2015 de altas prestaciones con 160 procesadores además de equipos especializados: 2 estaciones con 4 micros + 1 TB RAM, estaciones especializadas, que entre ellos reúnen 1200 cores (sin HT) y 4.5 TB de RAM, con una velocidad pico teórica de 8.1 TFlops.

En el Centro Estatal de Supercómputo, ubicado en el Puerto Interior, en Silao, Guanajuato, se tiene un cluster de cómputo desde Marzo 2017 con 160 procesadores interconectados por fibra óptica a 10Gbps, cada procesador tiene 10 cores, lo que equivale a 1600 cores (sin HT) a una velocidad de 2.2GHz a 3.1Ghz con 32GB RAM además de 2 equipos con tarjetas Nvidia K40, dando un total de 1844 cores aproximadamente y 3.8 TB de RAM, con una velocidad teórica de 25.4 Tflops.